Đức Hồng Y Phanxicô Xavier Nguyễn Văn Thuận sinh ngày 17 tháng 4 năm 1928, tại Phú Cam, thuộc Tổng Giáo phận Huế, tỉnh Thừa Thiên, Việt Nam. Gia đình ngài có 8 anh chị em, 3 trai và 5 gái. Ngài là con cả. Thân phụ của ngài là Cụ Nguyễn Văn Ấm, qua đời ngày 1 tháng 7 năm 1993, tại Sydney, Úc Đại Lợi (Australia). Thân mẫu ngài là Cụ Bà Elisabeth Ngô Đình Thị Hiệp, con gái của Cụ Ngô Đình Khả. Cụ bà là em của Đức Tổng Giám Mục Ngô Đình Thục và Tổng Thống Ngô Đình Diệm. Bà Cụ Cố qua đời vào ngày 28 tháng 1 năm 2005, tại Sydney, Úc Đại Lợic, thọ 102 tuổi.

Được Đức Giám Mục Ngô Đình Thục bảo trợ, năm 1939, ngài vào học Tiểu Chủng Viện An Ninh, Cửa Tùng, Quảng Trị. Học xong Tiểu Chủng Viện, năm 1947, ngài vào Đại Chủng Viện Phú Xuân ở Huế. Ngày 11 tháng 6 năm 1953, ngài được Đức Giám Mục Urrutia phong chức linh mục. Sau đó, ngài được bổ nhiệm làm Cha Phó giáo xứ Tam Tòa, một Giáo xứ lớn ở thị xã Đồng Hới, tỉnh Quảng Bình. Giáo xứ này do linh mục Nguyễn Văn Tâm làm chính xứ.

Đầu năm 1954, ngài bị bịnh phải về Huế chữa bịnh. Sau khi lành bịnh, ngài đi làm cha Phó Giáo xứ Phanxico Xavier ở Huế. Giáo xứ này do linh mục Darbon, quen gọi là Cố Triết, làm chính xứ. Khi Giáo xứ Phanxicô Xavier được trao cho giáo dân Việt Nam, ngài được cử làm quản xứ, kiêm tuyên úy lao xá Thừa Thiên, tuyên úy trường Pellerin, và tuyên úy bịnh viện Huế. Năm 1955, ngài lập Tráng Đoàn La Vang.

Năm 1956, ngài qua Roma theo học Phân khoa Giáo luật thuộc Đại học Giáo Hoàng Urbaniana, thuộc Bộ Truyền Giáo từ năm 1956 đến 1959. Ngài đậu Tiến sĩ Giáo luật năm 1959, với luận án: “Tuyên uý Quân đội trên thế giới” với kết quả ”Maxima cum laude”. Ngài trở về làm giáo sư Tiểu Chủng Viện Phú Xuân, Huế. Năm 1962, khi Tiểu Chủng Viện Hoan Thiện được thành lập để thay thế Tiểu Chủng Viện Phú Xuân, ngài được cử làm Giám đốc Tiểu Chủng Viện mới này. Năm 1964, ngài được cử kiêm Tổng Đại Diện Giáo phận Huế.

Ngày 5 tháng 7 năm 1957, Đức Giáo Hoàng Piô XII ban hành Sắc Chỉ Crescit Laetissimo thành lập giáo phận tông tòa Nha Trang, gồm
hai tỉnh Khánh Hòa và Ninh Thuận, thuộc giáo phận Quy Nhơn và hai tỉnh Bình Thuận và Bình Tuy, thuộc giáo phận Sài Gòn. Đức Giám Mục Marcel Piquet (1888-1966), thường được gọi là Đức Cha Lợi, được cử làm đại diện tông tòa giáo phận mới này. Ngài qua đời ngày 11 tháng 7 năm 1966.

Ngày 4 tháng 5 năm 1967, Toà Thánh giao giáo phận Nha Trang lại cho hàng Giáo phẩm Việt Nam, và bổ nhiệm linh mục Nguyễn Văn Thuận làm Giám Mục Việt Nam tiên khởi của giáo phận này.

Lễ phong chức được tổ chức vào lúc 5 giờ chiều ngày 24-6-1967, tại Tiểu Chủng Viện   Hoan Thiện đo Đức Khâm Sứ Tòa Thánh Angelo Palmas chủ phong, Đức Giám Mục Phạm Kim Điền và Đức Giám Mục  J.B. Urrutia thụ phong. Chiều ngày 10-7-1967, ngài nhận chức Giám Mục Nha Trang do Đức Khâm Sứ Palmas chủ lễ. Ngài lấy khẩu hiệu”Gaudium et Spes”(Vui Mừng và Hy Vọng).

Trong Hội Đồng Giám Mục Việt Nam, ngài đã giữ các chức vụ sau đây:

-Chủ Tịch Ủy Ban Công Lý và Hòa Bình.
-Chủ Tịch Ủy Ban Truyền Thông Xã Hội. (1967-1975)
-Chủ Tịch Ủy Ban Phát Triển Việt Nam. (1967-1975)

Đặc biệt, ngài đã đại diện Hội Đồng Giám Mục Việt Nam đến Manila, Phi Luật Tân dự Hội nghị Giám Mục Á Châu ngày 24-11-1970. Trong Hội Nghị này, ngài đã đại diện Hội Đồng Giám Mục Việt Nam trình bày đề tài “Các vấn đề chính trị tại Á Châu và những giải pháp liên hệ” để giúp các Giáo Hội Á Châu dự phóng con đường truyền giáo có thể triển khai trong nhiều thập niên.

Đối với Giáo Hội hoàn vũ, ngài được chọn làm Cố Vấn Hội Đồng Tòa Thánh về Giáo Dân từ năm 1971 đến 1975. Trong những lần đi họp Hội Đồng này, ngài đã có dịp gặp Đức Tổng Giám Mục Karol Wojtyla (tức Đức Giáo Hoàng Gioan Phaolô II sau này), lúc đó là Đức Tổng Giám Mục Giáo phận Cracovia (Ba Lan). Ngài cũng được bổ nhiệm làm cố vấn, rồi thành viên của Bộ Rao Giảng Tin Mừng Cho Các Dân Tộc và thành viên của Bộ Phụng Tự và Kỷ Luật Bí Tích.

Ngày 23-4-1975, Tòa Thánh đã phong ngài làm Tổng Giám Mục hiệu tòa thành Vadesitana, rồi ngày 24-4-1975, bổ nhiệm ngài giữ chức Phó Tổng Giám Mục giáo phận Sài Gón với năng quyền kế vị. Đức Cha Nguyễn Văn Hòa được cử làm Giám Mục Nha Trang thay thế ngài.

Lễ bàn giao được tổ chức tại Nha Trang ngày 7-5-1975. Ngày 8-5-1975, ngài về Sài Gòn nhận nhiệm sở mới nhưng Ủy Ban Quân Quản thành phố Sài Gòn-Gia Định công bố quyết định không cho Đức Tổng Giám Mục Nguyễn Văn Thuận được hoạt động tại nhiệm sở mới.

Ngài bị giam cầm từ năm 1975-1988

Ngày 21-11-1988, ngài được trả tự do và chỉ định nơi cư trú là Tòa Tổng Giám Mục Hà Nội. Ngày 27-3-1989, ngài qua Roma.

Ngày 21-11-1994, ngài được Tòa Thánh bổ nhiệm làm Phó Chủ Tịch Hội Đồng Tòa Thánh về Công Lý và Hoà Bình. Đây là lần đầu tiên một giáo sĩ Việt Nam được bổ nhiệm vào một chức vụ quan trọng tại Tòa Thánh Vatican. Năm 1998, ngải được bổ nhiệm làm Chủ Tịch của Hội Đồng này.

Trong chức vụ được trao phó, ngài đã được mời đi giảng và thuyết trình ở nhiều nơi và cho nhiều giới khác nhau, như tại nhà thờ chính toà Paris vào một Mùa Chay, hoặc nói chuyện tại các đại học Công Giáo trên thế giới, hoặc nói chuyện với giới trẻ như tại Mễ Tây Cơ vào tháng 5 năm 1998 với hơn 50,000 bạn trẻ tham dự. Ngài cũng được mời đến thuyết giảng tại Hoa Kỳ nhiều lần và có dịp nói chuyện với nhiều cộng đoàn và đoàn thể của người Việt Nam ở Hải ngoại.

Ngày 11-5-1996, ngài được Đại Học Dòng Tên ở New Orleans, Louisiana, Hoa Kỳ, trao tặng bằng tiến sĩ danh dự. Bộ Truyền Giáo cũng đã ủy thác cho ngài thi hành các cuộc thăm viếng và kiểm tra các chủng viện tại một số nước ở Phi Châu.

Ngài cũng đã nhận được những huy chương đề cao cuộc sống chứng tá về các hoạt động kiến tạo hòa bình của ngài: Ngày 9-6-1999, Chính Phủ Pháp đã trao tặng ngài huy chương “Commandeur de L’Ordre National du Mérite”

Ngày 12-1-2000, Hội “Cùng Nhau Xây Dựng Hòa Bình” đã trao tặng ngài huy chương hòa bình tại Tòa Thị Chính Roma.

Tại Torino, ngày 20-10-2001, ngài lãnh giải hòa bình của tổ chức SERMIG (Hiệp Hội Truyền Giáo Của Giới Trẻ). Ngày 9-12-2001, Trung Tâm Nghiên Cứu G. Donati cũng đã trao tặng ngài giải thưởng hòa bình năm 2001.

Ngày 21-2-2001, trong cuộc họp của Mật viện Các Hồng Y, Đức Thánh Cha Gioan Phaolô II đã trao mũ Hồng Y cho ngài và đặt ngài làm Hồng Y Phó Tế, Hiệu Tòa Nhà Thờ Santa Maria della Scala (Đức Mẹ tại các Bậc Thang). Nhà thờ này do các Cha Dòng Đức Mẹ Núi Carmêlô coi sóc, nằm tại vùng Trastevere, Roma.

Đức Hồng Y Phanxicô Xavier Nguyễn Văn Thuận qua đời lúc 18 giờ ngày 16-9-2002, tại Roma.